A la demande de l’Agence des Aires Marines Protégées, un inventaire cartographique des habitats des sites Natura 2000 en mer de l’estuaire de la Gironde et des Pertuis charentais a été réalisé afin d’établir un état initial de référence des milieux naturels. Est ici présenté l’inventaire cartographique dévolu aux zones intertidales meubles et rocheuses des Pertuis Charentais comprenant le littoral depuis la Tranche sur Mer jusqu’à Bonne Anse. S’inspirant des protocoles REBENT et MESH, trois méthodes complémentaires ont été combinées pour cartographier ces habitats intertidaux (Cajeri et al., 2012). Elles combinent les inventaires terrain avec relevés GPS différentiel, la télédétection couplant analyse d’ortho littorales et de scènes du satellite KOMPSAT-2 puis l’intégration sous système d’information géographique (SIG). Le rendu cartographique est basé sur la typologie EUNIS de niveau 4. Les structures délimitées sur photographies aériennes et validées par les inventaires terrain sont interprétées à partir de scènes satellite soumises à classification hiérarchique permettant une discrimination en termes de nature de sol, type de végétation et présence de mares. La compilation des informations est réalisée sous SIG en respectant les contraintes d’échelle et de topologie. Cette étude permet de combler un vide majeur de connaissances en particulier pour les habitats rocheux et les habitats d’espèces dans les Pertuis Charentais, les habitats de substrats meubles ayant été décrits par Hily (1976) et interprétés en typologie EUNIS par le REBENT. La carte proposée des habitats intertidaux n’est cependant pas définitive. Elle devrait bénéficier d’ajouts apportés à la typologie EUNIS par l’incorporation de nouveaux habitats en cours de validation à l’échelle européenne.