In verband met de ophanden zijnde bouw van de nieuwe wijk Stadshagen binnen de gemeente Zwolle werd vanaf juli 2001 de locatie van de havezate Werkeren door de archeologische dienst van de gemeente Zwolle opgegraven. Het hele kasteel inclusief de voorburcht en het grachtenstelsel kon worden onderzocht. De opgraving bracht bewoningssporen vanaf de bouw van de burcht in ca. 1368 tot en met de sloop kort na 1800 aan het licht.Het botmateriaal stamt uit de kleine beerkelder 8.1.2 (datering: 1525-1625), de grote tweefase beerkelder (datering: 1368-1500 (nadruk 1400-1490) en 1600-1750) en drie contexten uit de gracht (6.1.3, 8.1.21 en 8.1.42). De gracht werd in 1630 opgeschoond en dus stamt het materiaal vermoedelijk van na deze datum. Het begeleidende aardewerk loopt door tot ongeveer 1750.