Description des 3 fichiers excels :
DREAL 2016_2017 liste taxonomique microscopie_moleculaire.xlsx :
Fichier excel donnant les listes floristiques diatomées des campagnes 2016 et 2017 obtenues.
3 onglets :
- "Microscopie" : listes obtenues en microscopie optique
-"Moleculaire" : listes obtenues en métabarcoding (méthode des séquences filtrées avec seuil d'assignation à 60%)
- "correspondance code station" : des acronymes pour chaque échantillon ont été utilisés pour les analyses moléculaires. La correspondance avec les noms de rivières/stations et date d'échantillonnage sont donnés dans cet onglet
IBD correlation microscopie_moleculaire.xlsx :
Fichier excel donnant les valeurs d'IBD (IBD 2014 calculé avec Omnidia v.6.0) avec les inventaires microscopiques et moléculaires.
2 onglets :
- "IBD DREAL" : notes d'IBD pour la microscopie et le métabarcoding (méthode des séquences filtrées avec seuil d'assignation à 60%)
- code station : des acronymes pour chaque échantillon ont été utilisés pour les analyses moléculaires. La correspondance avec les codes station Sandre (8 chiffres) sont données dans cet onglet.
list60_230218.xlsx
Fichier excel sortie de Mothur pour la méthode des séquences filtrées avec seuil d'assignation à 60%.
2 onglets :
- "Taxo" : identification moléculaires non dérépliquées
- "Suivi mothur" : correspondance entre les noms de fichiers Fastq et les acronyms utilisés pour les analyses moléculaires